Black Rock Shooter comincia nel periodo di apertura delle scuole giapponesi, ad Aprile. Al suo primo giorno di scuola media, Mato Kuroi fa amicizia con una ragazza, Yomi Takanashi, che si è appena trasferita in città. Mato entra subito nel club di basket, Yomi decide di iscriversi a quello di pallavolo visto che le due attività praticano l’allenamento nella stessa palestra e alla stessa ora. Le due ragazze passano molto tempo assieme e fra loro si instaura un rapporto di profonda amicizia, ma appena iniziano il secondo anno, finiscono in classi diverse. A questo punto fa la sua comparsa una nuova ragazza, Yuu.
Nello stesso tempo in un mondo totalmente diverso, una ragazza con un fuoco blu nell’occhio sinistro, Black★Rock Shooter, intraprende un violento duello con un'altra ragazza che impugna un ascia, Dead Master.
Ma che collegamento c’è tra loro, Mato e Yomi?

- depravity.